乳腺类似分泌性癌
乳腺类似分泌性癌（mammary analogue secretory carcinoma）是新近报道的类型，少见，形态学与分子生物学改变类似乳腺少见的分泌型癌，以前有归入腺泡细胞癌(少酶原颗粒性、闰管细胞为主亚型) ，粘液表皮样癌和未特指的腺癌。
乳腺类似分泌性癌有特征性的ETV6-NTRK3融合基因，此特征可与腺泡细胞癌、低级别囊腺癌非特指型相鉴别。

甲状腺乳头状癌
ETV6/NTRK3融合基因可见于2~14%甲状腺乳头状癌，潜在靶向治疗靶点。

超过90%的SBC中存在ETV6-NTRK3融合，该融合是乳腺分泌性癌的标志性驱动事件，会激活MAPK和PI3K/AKT信号转导通路，促进癌细胞的增殖活化。检测ETV6-NTRK3融合基因对明确诊断SBC、靶向治疗指导、预后评估具有重要的临床指导意义。

先天性中胚层肾瘤（CMN）是一种好发于婴儿的低度恶性纤维母细胞性肾肿瘤，仅占儿童肾肿瘤的3%-6%。
细胞型形态学上类似于婴儿型纤维肉瘤，具有丰富的肿瘤细胞，明显异型性和较多核分裂象，此易位见于细胞型CMN中（9/10阳性率），也可见于婴儿型纤维肉瘤中，但未见于经典CMN和混合CMN中出现细胞型形态的区域。

婴儿纤维肉瘤
75~90%婴儿纤维肉瘤（infantile fibrosarcoma）存在t（12;15）（p13;q25）异常，从而导致ETV6基因与NTRK3基因融合。
辅助诊断婴儿纤维肉瘤。

其他
ETV6-NTRK3在先天性纤维肉瘤（CFS）中有较高阳性率，检测该融合对寻找CFS治疗方案极为重要。
辅助诊断先天性纤维肉瘤。

辅助诊断子宫炎性肌纤维母细胞肿瘤，50-65%的炎性肌纤维母细胞瘤（IMT）存在ALK重排，ROS1和NTRK3基因重排均占 5-10%的IMTs，还有少部分存在RET重排或PDGFRB重排。

辅助诊断髓系/淋系肿瘤伴嗜酸性粒细胞增多和酪氨酸激酶融合基因MLN-TK，NCCN指南建议MLN-TK患者需要进行融合基因检测。