临床上少见的AKAP9-BRAF重组和BRAF基因K601E点突变常与辐射相关的乳头状癌发生有关。
许多学者提出BRAF突变和重排阳性的甲状腺癌患者相对于阴性的患者而言具有更强的侵袭性，从而在治疗上需要施行行甲状腺全切术加中心淋巴结清除，术后需要更高剂量的放射性碘治疗，更低的促甲状腺激素抑制，并且密切随访。
BRAF突变和重排有助于在细胞形态学不典型和取样不佳的情况下做出比较有效的诊断，在细胞形态不典型和可疑时对明确肿瘤的性质具有重要意义。

中枢神经系统胶质瘤的一种分子分型，其中毛细胞星形细胞瘤、弥漫性软脑膜胶质神经元肿瘤中常存在BRAF基因融合，其他一些儿童低级别胶质瘤中也可存在BRAF基因融合；尤其以KIAA1549-BRAF融合最为常见。此外研究发现存在BRAF基因融合的胶质瘤比BRAFV600E突变或BRAF野生型的胶质瘤预后较好；因此检测BRAF基因融合状态为病理诊断与鉴别诊断、临床诊治及预后评估提供了帮助。